A região cárstica de Lagoa Santa tem sido de suma importância para as discussões sobre o tempo e o modo da dispersão dos primeiros americanos. A Lapa do Santo, escavada na última década, originou uma das maiores coleções de esqueletos humanos desta região. Neste trabalho, investigamos as afinidades morfológicas dos esqueletos da Lapa do Santo com outras amostras esqueletais de Lagoa Santa e da Colômbia, contextualizando-as dentro da variação morfocraniana existente hoje no planeta. Nossas análises, realizadas sobre um total de 2.059 crânios (1.071 masculinos e 988 femininos), estão baseadas em duas abordagens multivariadas, com o objetivo de caracterizar a variabilidade intra e intergrupos das 24 séries incluídas no trabalho. Nossos resultados mostram que os crânios da Lapa do Santo, bem como de outras séries de Lagoa Santa, não mostram níveis mais elevados de variabilidade intragrupal do que as séries modernas usadas como comparação, sugerindo que elas representam uma mesma população biológica. Concluímos também que os esqueletos mais antigos da América do Sul, incluindo os da Lapa do Santo, mostram fortes afinidades morfológicas com as populações australo-melanésias e da ilha de Páscoa. Tais resultados sugerem que houve um aumento na diversidade biológica no continente americano durante o Holoceno Médio, possivelmente devido ao influxo de diversidade extracontinental após a colonização inicial das Américas.