Novos estudos arqueobotânicos mostram que a região da bacia do alto Madeira é uma área onde foram domesticadas várias plantas durante o Holoceno inicial e médio, confirmando o que já havia sido apontado por dados genéticos há anos. No entanto, há menos acúmulo de dados sobre as relações entre pessoas e plantas para as ocupações humanas no Holoceno tardio. Na calha do alto rio Madeira, ocorrem extensos pacotes de terra preta antropogênica associados a populações ceramistas que viviam na região entre 3.000 e 400 anos atrás. Essas populações deixaram uma riqueza de informações que nos permitem enxergar tais relações através de estudos arqueobotânicos. Este artigo relata novos dados microbotânicos dos sítios Teotônio e Santa Paula para propor novas hipóteses sobre os sistemas de manejo efetuados por essas populações. Além de documentar uma proliferação de cultivos domesticados, foi possível sugerir algumas mudanças no uso de plantas ao longo do tempo. Vimos também como os dados arqueobotânicos podem elucidar questões relacionadas à própria formação dos sítios arqueológicos.