Os registros das condições existentes durante a formação dos sítios arqueológicos foram obtidos a partir de pesquisas interdisciplinares. Inseridas no campo da arqueobotânica, as diatomáceas são microalgas capazes de indicar as condições pretéritas. Quando presentes nos solos arqueológicos, podem indicar cursos d’água próximos ao sítio ou inferir condições paleoambientais. Este artigo apresenta pioneiramente o registro de diatomáceas em toda a coluna bioantracológica de um sambaqui. Nesse sentido, amostras do Sambaqui Porto da Mina (Quatipuru, Pará, Brasil) foram analisadas ao longo da coluna sedimentar. As diatomáceas encontradas reforçam a ideia da permanência dos grupos sambaquieiros no local de construção por pelo menos 210 anos. As inferências ecológicas obtidas apontam que o assentamento estava em um ambiente geograficamente diverso, com entrada de água doce, salobra e marinha. Assim, a inclusão da análise das diatomáceas no contexto arqueológico representa uma técnica adicional para os estudos de reconstrução ambiental.