Nas duas primeiras décadas do século XX, as publicações de Euclides da Cunha, Alberto Rangel e Carlos Chagas sobre a Amazônia apresentaram, sob diferentes perspectivas, uma crítica ao que consideravam visões fantasiosas, originárias dos relatos de viagem dos naturalistas dos séculos XVIII e XIX. Como alternativa, propunham a análise da região sob a ótica dos novos conhecimentos científicos, que incluíam domínios diversos – da geologia à medicina tropical. Trabalhos recentes vêm apontando a necessidade de maior investigação sobre as instituições e práticas científicas locais, tanto na elaboração de ideias sobre a região como na definição de políticas públicas. É nessa perspectiva que se propõe o presente artigo. Sua proposta consiste em refletir sobre as diferentes ideias que foram construídas pelo pensamento médico-científico sobre a natureza e a sociedade no estado do Amazonas, no período da Primeira República, em que se verificou o auge e o declínio da borracha. Considera-se que os médicos locais participaram ativamente dos debates científicos próprios à medicina tropical e colocaram em prática as principais teses sobre o combate e a profilaxia de endemias como a malária e a febre amarela. Esse conjunto de ideias e práticas contribuiu para a definição de ações de saneamento da cidade de Manaus e do interior do Amazonas.